将组织样品分离成单个细胞的最佳做法是什么?

    1.使用适合组织的解离方案:组织分离方法会影响细胞悬浮液的存活率,因此选择适合组织类型的分离方案非常重要。2.无偏组织取样:在组织取样过程中可能会引入细胞类型组成的偏差,从而影响测序结果。确保在将要比较的重复或样本中对相同区域进行采样是很重要的。如果一大块组织仅使用一部分样品进行单细胞测序,则在二次取样之前,将分离的组织/细胞悬浮液/细胞核悬浮液彻底混合,以减少回收的细胞类型的偏差。3.样品QC提供的关于组织质量和分离方法的信息:评估组织样本的RIN可能是排除劣质样本的一种方法,我们建议RIN>7;细胞活力和碎片可指示低效解离或过度消化。如果大块组织仍然存在,则可能存在无效分离,此时可以使用合适的酶进行解离;或者优化解离方法(移液、杵、均质器、搅拌器、粉碎),可能需要增加均质化步骤次数以破碎大组织;对于难以分离成单个细胞的组织(如心脏)考虑核分离;也可以考虑使用细胞过滤器过滤出大碎片。如果存在大量碎片可能是无效解离或过度消化导致的。这是可以用细胞过滤器过滤掉碎屑;或者如果可能的话再加一次洗涤和旋转;还可以考虑在分离过程中更温和地处理组织;以及优化消化酶和时间。


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