如果两个单细胞测序样本是并行处理的，那么在集成数据集时是否仍应使用批处理效果校正？

当我们谈论批次效应时，通常指的是在不同技术或不同平台上处理样品时产生的样品之间的技术差异。如果实验设计很好，这也是可以预防的。例如，组合两个样本并并行处理它们，这实际上是防止批次效应的好方法。在集成两个数据集时，如果两个样本之间的排序深度存在差异，则可能需要规范化它们。这种规范化是在Cell Ranger中的aggr管道中自动执行的，因此不必担心批量效应。

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