如何对石蜡包埋组织样本进行蛋白质组学分析？

石蜡包埋组织（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded，FFPE）样本广泛应用于临床病理研究，涵盖多种疾病类型和丰富的患者信息，是宝贵的蛋白质组学资源。然而，由于福尔马林固定和石蜡包埋带来的交联和蛋白质修饰，FFPE 样本的蛋白组学分析具有较高的技术挑战性。

一、FFPE 样本蛋白质组学分析的关键挑战

1、蛋白质交联和变性

福尔马林固定会在蛋白质之间形成甲醛交联（尤其是赖氨酸残基间），导致蛋白质变性、构象改变甚至难以溶解，严重影响后续提取和酶解效率。

 

2、石蜡包埋干扰

石蜡是高度疏水的化合物，必须彻底去除，否则会抑制酶解反应并污染质谱系统。

 

3、样本异质性

FFPE 切片往往取自肿瘤组织，其组织复杂、细胞成分多样，要求样本预处理精准控制，避免引入偏倚。

二、FFPE 蛋白组学分析的标准流程

百泰派克生物科技长期服务于肿瘤、炎症、自身免疫疾病等临床项目，基于海量 FFPE 样本分析经验，我们建议采用以下优化流程：

1、切片与脱蜡

（1）样本准备：取 5–10 µm 的 FFPE 切片，置于无 RNAse/DNAse 的离心管中。

（2）脱蜡步骤：

• 使用 二甲苯漂洗2~3次，去除石蜡。

• 依次用 100%、95%、70%乙醇梯度洗涤，去除有机溶剂。

• 最后用去离子水漂洗，去除残留。

2、抗原修复与蛋白提取

（1）加入变性缓冲液（常含 SDS、Tris-HCl、DTT 等），在高温（95°C）下加热一定时间，断裂蛋白交联。

（2）可加入蛋白酶抑制剂，防止降解。

（3）超声或机械匀浆辅助裂解，提高蛋白释放效率。

 

3、蛋白定量与质控

（1）采用 BCA 法或Bradford 法进行蛋白浓度检测。

（2）检查样本蛋白完整性及是否有高分子聚合物。

 

4、酶解与肽段净化

（1）使用 SDS-PAGE 或 FASP 方法去除去离子剂和干扰物。

（2）加入胰蛋白酶（Trypsin）在最适条件下（37°C，12~16小时）酶解蛋白。

（3）酶解后通过 C18柱净化肽段，去除盐离子和杂质。

 

5、LC-MS/MS 分析

（1）上机前肽段浓度应控制在合适范围，防止柱堵。

（2）使用高分辨质谱仪（如 Orbitrap Exploris、timsTOF Pro）进行数据采集。

（3）采用DDA、DIA、PRM等策略视研究目的而定。

三、数据分析策略与生物信息解读

1、数据搜索与定量

（1）软件推荐：MaxQuant、Spectronaut、DIA-NN、Proteome Discoverer。

（2）数据库：Uniprot、RefSeq 人类蛋白数据库。

（3）定量方式：标记定量（如 TMT）或非标记定量（Label-free）。

2、生物信息学分析

（1）差异蛋白筛选（Fold change + FDR 校正）。

（2）GO / KEGG 富集分析，探索潜在功能通路。

（3）PPI 网络构建与潜在生物标志物挖掘。

四、FFPE 蛋白组学的优势与应用前景

优势	描述
样本可溯源	临床信息丰富，适合随访研究
病理特征明确	可结合 IHC、HE 染色定位分析
样本储量庞大	医院和生物样本库大量储存

FFPE 蛋白组学技术正逐渐突破传统瓶颈，成为精准医疗研究的重要支撑平台。

五、百泰派克生物科技的优势服务

在 FFPE 蛋白组学领域，百泰派克生物科技已建立完善的样本预处理—蛋白提取—质谱分析—数据解读全流程体系，核心优势包括：

• 丰富的 FFPE 样本处理经验，适配多组织类型（肝癌、乳腺癌、结直肠癌等）。

• 高通量质谱平台，支持 DDA / DIA / PRM 多模式检测。

• 专业生信团队，提供定制化分析报告。

• 可承接临床合作项目，支持科研立项与发表。

尽管 FFPE 样本面临一定的技术挑战，但通过优化的处理流程与高灵敏度质谱平台，蛋白组学分析完全可行，且具有极高的科研与临床价值。若您正在寻找可靠的 FFPE 样本蛋白组学服务合作伙伴，欢迎联系百泰派克生物科技，我们将为您的科研项目保驾护航。

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