完整的单细胞分析通用流程——质控

单细胞分析是指从单个细胞层面对基因表达、蛋白质活动或其他生物分子进行研究的技术。这种分析方法可以揭示细胞异质性和个体细胞之间的细微差异。单细胞分析的一般流程如下。




1.样本准备：

首先要通过组织解离或流式细胞分选等方法获取单细胞悬液。




2.单细胞捕获与逆转录：

使用微流控芯片、荧光激活细胞分选（FACS）或微滴技术等方法捕获单个细胞，并将细胞内的mRNA转录成cDNA。




3.文库构建与测序：

利用cDNA进行文库构建，随后进行高通量测序。




4.质量控制（QC）：

• 细胞质量控制：通过细胞大小、形态、捕获完整性等指标排除死细胞或损伤细胞。
• RNA质量控制：评估RNA的完整性和浓度，确保mRNA的质量适合后续步骤。
• 序列质量控制：通过软件工具检查测序数据的质量，去除低质量的读段（reads）、接头序列和污染物。
• 数据质量控制：排除双倍体细胞、空滴（未捕获细胞的微滴）或因技术原因而表达量过低的基因。



5.数据分析：

使用生物信息学工具进行数据归一化、细胞类型鉴定、基因表达量分析等。




6.验证与解释：

对感兴趣的细胞亚群或基因表达模式进行实验验证，如使用流式细胞术、免疫荧光标记等方法。




每一个步骤都需要严格的质量控制来确保最终结果的准确性和可重复性。尤其是在QC步骤中，对细胞质量、RNA质量和序列质量的控制是至关重要的，它直接影响着数据分析的准确性。




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