深入解析免疫肽组学：从样本准备到数据分析
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精准识别潜在抗原，用于设计癌症疫苗或个体化免疫疗法；
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揭示肿瘤免疫逃逸机制；
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监测免疫治疗反应与耐药机制。
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大量细胞或组织样本（>10^7 cells）；
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冷链操作，避免蛋白降解；
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优化的裂解缓冲液，确保MHC复合物完整提取。
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酸洗脱法（如0.1% TFA）释放结合肽；
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C18固相萃取柱富集肽段，去除杂质和大分子蛋白；
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冻干浓缩便于后续质谱上样。
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DDA（Data Dependent Acquisition）：适用于新抗原的发现，数据质控容易；
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DIA（Data Independent Acquisition）：适合已知抗原数据库的定量分析，重现性更好。
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无酶切限制；
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氧化修饰与脱氨等常见修饰；
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精确的母离子和碎片质量容差（<10 ppm）。
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新抗原筛选；
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疫苗候选肽段筛选；
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个体化免疫治疗策略制定。
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低丰度肽段的检测灵敏度限制；
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MHC等位基因的复杂性；
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跨个体样本的可比性问题。
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单细胞水平的免疫肽分析；
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与空间转录组、免疫组库数据的多组学整合；
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AI辅助的抗原预测与靶点优选。
免疫肽组学（Immunopeptidomics）是近年来发展迅猛的前沿技术，聚焦于鉴定并解析主要组织相容性复合体（MHC）呈递的抗原肽段。这一技术在肿瘤免疫治疗、疫苗研发、自身免疫疾病研究中展现出巨大潜力。
一、什么是免疫肽组学？为何重要？
免疫肽组学是利用高分辨质谱技术分析MHC分子呈递的肽段（即免疫肽）的组学方法。这些肽段反映了细胞内蛋白质降解的真实状态，是T细胞识别异常细胞（如癌细胞或感染细胞）的关键线索。
免疫肽组学的技术挑战更大，但生物学意义也更为直接：
二、样本准备：成功的第一步
免疫肽组学的样本前处理非常关键，因为MHC结合肽的丰度极低，且易于降解。一个稳定、重复性高的样本处理流程，是后续数据可靠性的基础。
1、细胞裂解与MHC免疫共沉淀
利用抗MHC-I或MHC-II的单克隆抗体进行免疫共沉淀（Immunoprecipitation, IP）是标准步骤。通常需要：
2、肽段释放与纯化
从MHC复合物中释放的肽段需要进一步分离和净化。此步骤常用方法包括：
三、质谱分析：解析抗原图谱的核心技术
免疫肽长度短（8–14 aa）且无酶切位点，这对质谱提出了更高要求。
1、仪器选择：高分辨率是关键
建议使用Orbitrap Fusion Lumos、Exploris 480等高分辨率质谱系统，配合nano-LC系统实现对低丰度肽段的高灵敏检测。
2、数据采集方式：DDA vs. DIA
四、数据分析：从肽段到生物学解释
免疫肽组学的数据分析流程，既需要蛋白组学算法，也需针对MHC结合特征进行专门设计。
1、肽段鉴定
使用如PEAKS、MaxQuant、MSFragger等软件进行无酶特异性搜索，同时需设置如下参数：
2、MHC结合预测与表位注释
将鉴定出的肽段导入NetMHCpan、MHCflurry等工具，预测其与特定HLA等位基因的结合能力。
此步骤可用于：
3、下游功能注释
整合蛋白注释数据库（如Uniprot、GO、KEGG），实现对源蛋白的功能注释、通路富集分析等，为抗原发现提供生物学解释。
五、挑战与未来趋势
虽然免疫肽组学已应用于多个前沿领域，但仍面临不少挑战：
未来的研究将更关注于：
免疫肽组学正在重塑我们对抗原呈递与免疫识别的理解。在这一复杂但前景广阔的领域中，高质量的数据获取和精准的生物信息分析缺一不可。作为国内领先的质谱与蛋白组学服务提供商，百泰派克生物科技已建立完备的免疫肽组学技术平台，覆盖从样本制备、MHC富集、质谱检测到生信分析的全流程。我们服务于多个国家重大项目与创新药企业，帮助客户高效识别免疫相关靶点，加速疫苗与细胞治疗的研发进程。
How to order?
