De Novo蛋白质测序：如何解析未知蛋白？
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来自未注释的新蛋白
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新发现的剪切变体
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病原体、肿瘤细胞或外源表达产物
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翻译后修饰或突变造成的偏离序列
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多酶消化（Trypsin + Chymotrypsin 等）获得重叠片段
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高分辨率MS/MS数据采集（Orbitrap Fusion Lumos）
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使用人工审核 +结构建模辅助矫正拼接偏差
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多轮酶解 + 富集策略（如高pH反向色谱预分离）
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融合组学策略，如转录组联合验证
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采用 推断式拼接算法 与序列相似性评分模型提升整合度
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与同源已知蛋白比对（BLAST）预测结构与功能
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建模预测二级/三级结构，判断是否为酶、信号蛋白、抗原等
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提供表达验证+功能实验（如活性检测、ELISA等）
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Orbitrap Fusion Lumos / timsTOF Pro高分辨率质谱
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多酶消化+分级富集流程
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PEAKS、pNovo、Novor等主流算法并行分析
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自主开发拼接优化与修饰整合模块
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针对未知蛋白的同源预测+功能评分系统
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每个项目均由博士团队人工审阅MS/MS结果
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完整的De Novo蛋白质序列
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肽段覆盖图 + 修饰注释
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BLAST比对报告 + 功能预测注释
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可选的表达验证与活性检测服务
在蛋白质组学、临床样本分析、非模式生物研究等领域，科研人员越来越常遇到一种情况：从质谱数据中检测到的蛋白质肽段，在任何数据库中都找不到匹配。这些被称为“未知蛋白”或“orphan peptides”的分子，可能是：
而传统的数据库比对方法（如Mascot、MaxQuant）依赖于FASTA参考库，对这些蛋白几乎无能为力。此时，De Novo蛋白质测序成为唯一解法。
一、什么是De Novo蛋白质测序？与数据库比对有何不同？
De Novo测序（From Scratch Sequencing）是一种不依赖任何已知数据库，完全通过质谱采集的MS/MS碎片数据直接推断蛋白质氨基酸序列的方法。它和数据库检索最大的不同在于：
二、哪些研究需要使用De Novo测序来解析未知蛋白？
1、非模式生物研究
研究小鼠、人类这些“模式生物”时，数据库十分完备。而在鱼类、植物、微生物等非模式物种中，基因组信息不全或注释不准确，数据库检索命中率很低，必须通过De Novo来获取蛋白序列。
2、肿瘤新抗原（Neoantigen）筛选
突变蛋白或融合蛋白常因单个氨基酸变化无法被数据库识别。De Novo技术能直接在质谱层面捕捉这些突变位点，是癌症免疫治疗中的关键工具之一。
3、外源表达或未知来源蛋白表征
如中药复方、天然提取物、重组表达产物等，其具体蛋白组成不明，也无基因背景，De Novo测序是唯一的结构解析路径。
4、翻译后修饰蛋白鉴定
传统数据库检索无法有效识别发生修饰的未知肽段，而De Novo配合修饰识别算法能同时获得序列和修饰位点。
三、解析未知蛋白的关键技术挑战有哪些？
挑战1：氨基酸碎片峰复杂，算法判断难度大
质谱碎片存在中性丢失、异构氨基酸（如I/L）共峰、修饰峰重叠等问题，常使算法无法准确拼接。
百泰派克解决方案：
挑战2：序列太短无法全长还原
某些未知蛋白可能表达量低，酶解效率低，导致序列覆盖度不够。
百泰派克解决方案：
挑战3：缺乏功能注释，难以确认蛋白身份
即使还原了序列，如何确认该蛋白功能？
百泰派克解决方案：
四、百泰派克生物科技如何助力未知蛋白的结构解析？
我们提供从样本准备到功能验证的一站式De Novo蛋白测序解决方案，涵盖：
1、技术平台支持
2、专业算法与人工经验
3、可交付内容
在越来越多复杂样本、非模式生物、突变蛋白成为研究重点的今天，De Novo蛋白质测序不再是“高端选项”，而是通向生命科学未知领域的必要手段。百泰派克生物科技以成熟的质谱平台和丰富的未知蛋白解析经验，为您的科研提供坚实支撑，帮助您从数据中解码未知、从结构中发现新功能。如您正在解析不明蛋白，或希望回溯未知蛋白药物的结构，欢迎联系百泰派克技术团队，获取样本评估与个性化测序方案！
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