使用De Novo技术进行高精度抗体测序

引言：为什么抗体测序越来越重要？

抗体，作为适应性免疫系统的核心执行者，其多样性和特异性使其在基础研究、诊断开发、生物制药等多个领域都发挥着举足轻重的作用。从单克隆抗体的开发，到新型疫苗的评估，再到肿瘤免疫治疗的机制解析，获取抗体的全序列信息成为关键第一步。

 

然而，传统的抗体测序方法往往依赖已知数据库或抗体来源细胞的mRNA信息，限制了对天然抗体、多克隆抗体、或者临床样本中稀有抗体的全面解析。在此背景下，基于质谱的De Novo抗体测序技术应运而生，正在逐步成为抗体研发和表征的重要手段。

 

一、什么是De Novo抗体测序？

De Novo测序是指在缺乏已知数据库参考的情况下，直接通过质谱数据推断蛋白质序列的过程。相较于依赖数据库比对的传统质谱分析方法，De Novo测序不受数据库覆盖率限制，能够实现真正意义上的全序列解析，尤其适用于未知抗体或来源复杂的样本。

抗体De Novo测序的一般流程包括：

1、样本制备：将抗体进行酶解，常用酶包括Trypsin、Chymotrypsin、LysC等；

2、质谱分析：采用高分辨率质谱（如Orbitrap、TOF）采集多肽片段的MS/MS信息；

3、序列推断：使用专用的De Novo算法（如PEAKS、Novor）解析肽段序列；

4、序列拼接与重建：结合抗体结构特征，拼接出完整的轻链与重链序列；

5、功能验证：通过重组表达与ELISA、SPR等手段验证序列的功能正确性。

 

二、为什么选择De Novo技术进行抗体测序？

1、不依赖mRNA信息，更适用于临床样本和天然抗体

在许多实际场景中，例如来自血清、组织液等临床样本中的抗体，仅依赖B细胞mRNA进行序列分析往往面临细胞获取困难、表达量低等问题。而De Novo测序则直接以蛋白为对象，无需依赖核酸信息，在天然抗体研究中具有显著优势。

 

2、高分辨率质谱赋能，提升测序精度与覆盖度

随着质谱仪性能的持续提升，现代仪器已能实现亚ppm级的质量精度和高灵敏度。结合多酶酶解策略与重叠肽段优化算法，De Novo测序的准确率和覆盖率已接近95%以上，足以满足抗体工程的应用需求。

 

3、可揭示抗体异构形式（如糖基化、突变、剪切）

抗体不仅在氨基酸水平存在多样性，其翻译后修饰（PTMs）如糖基化、氧化、脱酰胺等也对功能产生重要影响。传统的基因测序方法无法捕捉这些修饰信息，而质谱则能够提供修饰位点和修饰类型的直接证据。

 

三、De Novo抗体测序的技术挑战与应对策略

1、CDR区域解析难度大

抗体的互补决定区（CDR）富含高变异序列，是抗原结合活性的核心。CDR区域常伴随序列复杂性高、酶解效率低等问题，影响其在质谱中的检测频率。百泰派克生物科技通过多酶联用、异构体聚焦分析等策略，有效提升CDR区的覆盖率和序列可信度。

 

2、同源抗体混合样本的拆分难度高

当样本中存在多个同源抗体时（如多克隆抗体或治疗前后患者抗体对比），传统算法难以区分近似序列。百泰派克利用深度覆盖+智能算法+人工审阅相结合的方式，实现高复杂度背景下的抗体重建。

 

四、应用场景：De Novo抗体测序的广泛价值

 



 

百泰派克生物科技：高精度De Novo抗体测序服务提供商

在百泰派克，我们结合先进的Orbitrap Fusion Lumos系统与优化的多酶酶解策略，搭配自主开发的序列拼接和修饰分析算法，提供包括：

• 全长抗体序列解析（重链+轻链）

• CDR区域精细覆盖验证

• 抗体修饰图谱（糖基化、氧化等）

• 同源抗体混合样本解析服务

 

我们的技术团队具备丰富的质谱数据分析经验，并通过每一例项目进行人工校验和结构建模验证，确保结果的可重组性和功能有效性。随着抗体药物开发和精准医学的快速发展，获取高质量的抗体序列信息已成为基础性需求。De Novo抗体测序技术正以其高自由度、高准确率、适用性强的优势，成为科研和产业界不可或缺的工具。百泰派克生物科技将持续以专业的技术平台与服务能力，助力科研人员深度挖掘抗体的结构与功能潜能。

 

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