百泰派克生物科技BTP客户案例：利用Co-IP结合质谱技术研究DEV GC与宿主蛋白的相互作用网络

期刊：Journal of Proteomics；影响因子：4.0638

原文链接：DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104281

研究对象：鸭肠炎病毒（DEV）

研究目的：探索DEV病毒的感染和致病机制

研究手段：互作蛋白质组学等

研究内容及结论：鸭肠炎病毒（DEV）是鸭病毒性肠炎的病原，可在禽形目（水禽）中引起一种传染性、致死性的病毒性疾病。在病毒感染中，宿主-病毒相互作用在病毒复制和发病机制中起着至关重要的作用。在作者之前的研究中，将MRFP与DEV糖蛋白C（GC）的C末端融合，构建了荧光标记的DEV病毒rgCRFP。本研究采用荧光融合蛋白（gC-mRFP）作为蛋白质组学探针。使用商业抗RFP抗体对rgCRFP感染的鸡胚胎成纤维细胞的蛋白进行免疫共沉淀和质谱分析，共鉴定出21个与gC相互作用的宿主蛋白。在这21种蛋白质中，通过膜结合裂解泛素酵母双杂交系统（MbYTH）和双分子荧光互补（BIFC）分析证实了7种宿主蛋白（GNG2、AR1H1、PPP2CA、UBE2I、MCM5、NUBP1、HN1）与DEV GC蛋白的相互作用。本研究进一步加深了对DEV病毒感染和致病机制的认识。

Putative gC protein-interacting host cell proteins identified from rgCRFP-infected cells.
Protein ID	Name	Peptides	Sequence coverage [%]	Average intensity of Ctrl	Average intensity of Test	FC (Test vs Ctrl)
A0A1D5NXK6	DDI1	3	4.9	0	27,150,667	#DIV/0!
A0A1D5P5J0	CHTOP	2	11.7	0	29,639,667	#DIV/0!
A0A1L1RZ04	N/A	5	8.3	0	35,474,200	#DIV/0!
P01038	N/A	3	30.9	0	52,237,000	#DIV/0!
P48463	PPP2CA	8	35	0	52,380,000	#DIV/0!
Q5ZHT1	ACAD11	1	1.9	0	25,669,667	#DIV/0!
F1NDS5	PFDN1	3	17.2	1,049,833	77,208,333	73.54
A0A1D5NW89	MCM5	5	10.3	1,959,867	46,693,333	23.82
P63283	UBE2I	4	34.2	9,651,033	153,709,333	15.93
A0A3Q2U8X6	DYNLT1	2	30.1	6,176,667	67,073,667	10.86
A0A1D5PH50	ARIH1	2	5.6	2,503,633	26,397,667	10.54
Q5ZL59	UBE2D3	2	19.7	31,341,667	303,196,667	9.67
I7LRG5	HN1	3	37.2	21,572,333	155,548,667	7.21
E1C129	NUBP1	4	20.4	13,463,667	94,200,333	7.00
F1NG46	TFAM	5	25.6	9,846,667	60,293,333	6.12
A0A1L1RXT6c	N/A	12	5.7	4,686,667	28,331,000	6.05
E1C4N5	DPM1	2	7.4	6,890,333	38,910,333	5.65
A0A1D5PHL1	RBM14	8	20.7	9,821,957	53,828,333	5.48
Q5ZJ03	GNG2	1	22.5	17,190,333	90,729,000	5.28
A0A1D5P6D2	COPS8	4	26.1	6,675,333	35,089,333	5.26
Q5ZLE6	EIFЗH	3	9.2	4,142,000	21,633,667	5.22
N/A: protein not fully verified.

利用Co-IP结合质谱技术研究DEV GC与宿主蛋白的相互作用网络，该服务由北京百泰派克生物科技提供。用RFP标签从rgCRFP感染的CEF裂解物中免疫沉淀GC相关宿主蛋白进行亲和纯化。随后，对共纯化的宿主因子进行LC-MS/MS分析，结果鉴定出14284个多肽和2800个蛋白质。经过三次重复分析，共有21种细胞蛋白被确认为GC相互作用蛋白。

参考文献：Chen L, Ni Z, Hua J, et al. Proteomic analysis of host cellular proteins co-immunoprecipitated with duck enteritis virus gC[J]. Journal of Proteomics, 2021, 245: 104281.

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