可以在复杂混合物中进行Edman测序吗
采用岛津的蛋白质N端测序仪（PPSQ）可以测定蛋白的一级结构,蛋白质的一级结构指的是氨基酸残基在蛋白质肽链上的排列顺序。每一种蛋白质都有唯一且确切的氨基酸序列。
埃德曼降解是由埃德曼（P.Edman）在上世纪六十年代所创立并自动化。整个反应过程可分为：耦联、环化裂解、转化三个步骤，然后进行色谱分析，依据色谱的保留时间判断是哪一种氨基酸，剩余的肽链中酰胺键不受影响，进入下一个循环，继续发生降解。每发生一次反应，可鉴定一个位置的氨基酸，当全部结果测定结束后，即可得到全部的氨基酸序列结果。进入N端测序仪的样品必须是纯的蛋白，才能保证氨基酸序列结果的准确性，那么如果是复杂混合物能进行Edman测序吗？答案是可以的。我们可以通过以下几种方法来分离目标蛋白，再进行Edman测序。
第一种：蛋白和小分子混合物，可以采用10KD超滤管离心去除小分子，保留大于10KD的蛋白部分，如果蛋白是分子量较小的肽段可以使用C18膜去除小分子后得到纯的蛋白，进行Edman测序；
第二种：多个蛋白的混合物，可以进行SDS-PAGE分离大小不同的蛋白，再通过半干转的方法将蛋白转至PVDF膜上，丽春红或R250染色后，挑选出目标蛋白的条带进行Edman测序。此方法适用于分子量在10-100KD左右的蛋白样品。
第三种：多个蛋白或者多肽的混合物，若蛋白的分子量大小相近，在SDS-PAGE上不能明显分离开，也可以利用蛋白不同的极性，通过高效液相反相色谱（HPLC）蛋白的出峰时间不同，进而分离蛋白，再回收固定出峰时间的流动相样品，接出的样品通过除盐浓缩等操作后，可进行Edman测序。例如胰岛素可以先还原打开A链和B链间的二硫键，然后进入高效液相色谱会出现两个不同时间的峰，分别回收这两个液相峰，分别得到胰岛素的A链和B链。
Edman测序可以在复杂混合物中进行，但需要确保蛋白质N端未被封闭或化学修饰，且蛋白质的大小适合Edman测序。对于不适合Edman测序的蛋白质，可以考虑使用质谱等其他方法进行补充分析。
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