蛋白组分析中DDA和PRM

DDA(data-dependent acquisition)和PRM(parallel reaction monitoring)是质谱不同的数据采集模式。DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究,PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。

蛋白组分析中DDA和PRM

蛋白组分析中DDA和PRM

DDA

DDA(data-dependent acquisition)即数据依赖型扫描模式,是最早和最简单的质谱数据采集模式,主要用于以采样和发现蛋白质为主要目标的蛋白质组学的研究中。在DDA数据依赖型扫描模式中,MS1扫描期间到达质谱检测器的丰富最高的离子的子集在MS2序列扫描中被单独隔离并碎片化,每一个MS2扫描都可以用生物信息学来分析。DDA数据依赖型扫描模式通常可以鉴定出数千种蛋白质。但是,如果有太多的肽段共洗脱并在一次MS1扫描中出现,DDA数据依赖型扫描模式只会随机采样最丰富的肽段而忽略其余的,会降低分析的重现性并阻碍了低丰度肽段的测定。因此,当以精确定量、重现性和验证为主要目标的蛋白质组学研究需求出现,MRM和PRM靶向蛋白质组学应运而生。

PRM

PRM(parallel reaction monitoring)是一种基于高分辨率和高精度质谱的数据采集技术,衍生于MRM(multiple reaction monitoring),可用于靶向定量蛋白组学中目标蛋白分子的研究。与DDA模式下仪器根据丰度选择前体离子不同,在MRM和PRM中,要分析的前体离子由用户固定。MRM和PRM通过将MS1和MS2扫描仅集中在一小组预先确定和识别的肽上,避免了DDA的不精确性和不可重复性。虽然DDA存在缺陷,但它的检测范围广、设置和分析简便,是PRM靶向蛋白质组学分析前用于筛选感兴趣的目标蛋白质的主要方法, 如iTRAQ、TMT、Label-free和SILAC蛋白质组学等,都是基于DDA的技术。

相关服务

定量蛋白组分析
平行反应监测PRM服务

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