蛋白质翻译后修饰相关问题解答

1. 在蛋白质中磷酸化位点分析时应该注意些什么问题?

覆盖率:覆盖率越高,检测和鉴定含有修饰基团的肽几率就越大。
修饰位点的占有率:被修饰的蛋白质的百分比低,则检测到修饰肽的机会会随之减少。如果百分比较高(> 30%),则有助于识别修饰位点。

2. 如何增加覆盖范围以定位磷酸化或甲基化位点?

首先,请注意,由于蛋白质序列的独特性,每种蛋白质在高序列覆盖率下都有不同的定位潜力。
蛋白质的覆盖率可通过以下方式增加:
a)有数量相对较多的蛋白质(最好> 5μg蛋白质)用于质谱分析;
b)确保蛋白质是高纯度的;
c)可通过使用多种质谱仪器/技术进行分析;
d)可使用TiO2柱对磷酸化蛋白进行富集

3. 糖基化位点会抑制蛋白质样品的鉴定吗?

在蛋白质的纯度和浓度很高的情况下,基于质谱的蛋白质鉴定仍然是最佳选择。但是,糖链(CHO)会通过以下机制破坏基于质谱的鉴定:
a)糖链可阻断胰蛋白酶裂解;
b)多变的糖链分子量,会降低对糖肽的检测;
c)解决方式:在凝胶上样和质谱分析之前,用N-聚糖酶(如PNGaseF)对N-linked糖链进行水解。

4. 我想对蛋白质中潜在的磷酸化位点进行初步分析。您公司费用最低的先关服务是什么? 有哪些限制?您有合适的建议吗?

我们成本最低的初步分析是对来自凝胶或高纯度制剂的纯蛋白质使用MALDI-TOF/TOF的方法进行分析。
局限性:如果蛋白质很大,蛋白质不纯或产量低(<500 ng),蛋白质的覆盖率也会很低。 建议:如果能够提供高质量的样品,可大大降低初步分析的成本。(详情请咨询)

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