蛋白分析FAQ汇总

• • 想了解bluenative page实验以及二向BN-SDS-PAGE的步骤，还有阴阳缓冲液。

  一、Blue Native PAGE (BN-PAGE) 实验材料和溶液 样品缓冲液（阴性缓冲液）: 50 mM Bis-Tris (pH 7.0), 50 mM NaCl, 10% (w/v) 甘油, 0.001% Ponceau S, 加入一定量的Coomassie Blue G-2

• • 用trizol提的蛋白可以做组蛋白甲基化的wb吗？

  使用TRIzol提取的蛋白理论上可以用于Western Blot（WB）分析。Trizol（或类似的基于酚-氯仿的提取剂）是一种多功能的提取试剂，能够同时提取RNA、DNA和蛋白质。对于蛋白质提取，特别是组蛋白这类与染色质紧密相关的蛋白质，Trizol提取可以保留其翻译后修饰，如甲基化。但是

• • 糖基化蛋白怎么看？

  基化蛋白的检测和分析可以通过多种方法进行，主要取决于你想要了解的糖基化类型（如N-糖基化或O-糖基化）以及糖基化的具体位置和结构。常用的方法主要包括： 1.质谱分析（Mass Spectrometry, MS）： 质谱是分析糖基化蛋白的强大工具，尤其是在鉴定糖基化位点和糖链结构方面。

• • 糖基化分析的实验该怎么做？详细的实验步骤。

  糖基化分析的实验步骤可以根据分析目的和选择的方法有很大的不同，质谱分析是一种强大的技术，能提供蛋白质糖基化位点和糖链结构的详细信息。这里我们以质谱（MS）分析蛋白质N-糖基化为例，提供一个相对通用的流程： 1. 样本准备 蛋白质提取：从目标样本（如细胞、组织或生物流体）中提取总蛋白。 蛋白

• • 做IP提取的蛋白，能像做Wb的蛋白一样保存在负80负度吗？还是配了马上就用？

  可以的。做免疫共沉淀（IP）的蛋白样本通常也可以在-80°C下保存，就像Western blot（WB）的蛋白样本一样。关键是确保样本在冻存过程中避免反复冻融，因为这可能导致蛋白降解或失活。使用时，应该一次性取用所需量，并在使用前充分解冻。     CO-IP免疫共沉淀法蛋白互作分析 蛋白质

• • 多肽质谱数据一般用什么软件处理呢？

  处理多肽质谱数据通常使用以下软件：   1.MaxQuant： 适用于蛋白质组学数据的定量分析，特别是液相色谱-质谱（LC-MS/MS）数据。   2.Proteome Discoverer： Thermo Fisher Scientific提供，用于蛋白质鉴定和定量的综合平台。   3.M

• • KEGG通路注释及富集分析在有代谢组数据和转录组数据的情况下，怎么筛选差异基因？

  在有代谢组和转录组数据的情况下，进行KEGG通路注释及富集分析以筛选差异基因，可以遵循以下步骤： 1. 数据预处理 转录组数据： 质量控制：使用工具如FastQC检查原始序列数据的质量，然后使用Trimmomatic或fastp进行质量修剪。 序列比对：使用比对工具（如HISAT2、STA

• • 用非标记定量的SWATH技术能不能找到差异蛋白？只有用TMT标记蛋白质组学才用C18除盐吗？

  使用非标记定量的SWATH技术也能找到差异蛋白，并用于后续分析。SWATH作为一种数据独立获取（DIA）技术，可以实现大规模的蛋白质组定量分析，不依赖于前期的标记。C18除盐也不仅限于TMT标记的蛋白质组学研究，它是一种通用的样品准备步骤，用于提纯蛋白质样本中的肽段，减少样品复杂性，适用于多

• • dia模式是交替扫描，还是是先扫一级再扫二级？

  DIA（数据独立获取）模式是先扫描一级质谱（MS1），然后在预设的窗口范围内系统地扫描二级质谱（MS2），覆盖整个质量范围，而不是基于先前选择的前体离子。这种方式确保了更广泛的样品覆盖和更高的数据重现性，与交替扫描或基于特定前体离子的选择性扫描（如在SRM或PRM模式中）不同。

• • 怎么提取蛋白纯化蛋白呢？

  蛋白提取：首先根据蛋白的来源和特性准备样本。如果蛋白来自细胞或组织，需要通过物理或化学方法破碎细胞，释放蛋白到溶液中。然后使用裂解缓冲液（包含适当的盐、缓冲剂和可能的蛋白酶抑制剂）破碎细胞，释放蛋白质到溶液中，接下来通过离心分离细胞碎片和未破碎的细胞，收集含有蛋白的上清液。可能需要多次离心，