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蛋白质组质谱鉴定PMF

肽质量指纹图谱(peptide mass fingerprinting, PMF)(又称蛋白质指纹)是一种蛋白质鉴定的分析技术,通过将未知的感兴趣的蛋白质首先裂解成更小的肽,使用MALDI-TOF或ESI-TOF等质谱仪对其绝对质量进行精确测量的一种分析方法。百泰派克生物科技提供基于肽指纹图谱PMF的蛋白质组质谱鉴定服务。

蛋白质组质谱鉴定PMF

基于肽质量指纹图谱PMF的蛋白质质谱鉴定首先将未知的目标蛋白质裂解为较小的肽段,之后使用质谱仪(如MALDI-TOF或ESI-TOF)准确测量这些肽段的绝对质量,将肽段质量与包含理论蛋白质序列甚至基因组的数据库进行比较,从而实现目标蛋白质的鉴定。其中,数据库比对使用生物信息学的方法实现,计算机程序将有机体的已知基因组翻译成蛋白质,从理论上将其切成肽段并计算出肽段的绝对质量,然后将测得的未知蛋白质的肽段质量与基因组中编码的每种蛋白质的理论肽段质量进行比较,对结果进行统计分析后返回可能匹配项的方式,实现蛋白质的质谱鉴定。PMF技术仅需少数肽段质量就能准确鉴定出一个蛋白质,与传统技术比具有速度快、通量高等优点,因此可应用于蛋白质组的质谱鉴定。

PMF优缺点

基于肽质量指纹图谱PMF的蛋白质质谱鉴定的优点是仅须知道肽的质量,不需要耗时的进行从头测序。缺点是目标蛋白质需要有理论数据库。因此,肽质量指纹图谱PMF法最适用于已经获得基因组序列、cDNA序列或蛋白质序列,特别是已经完成全基因组测序的样品鉴定。

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