蛋白质N端测序方法：Edman降解法or质谱法
N端是一个蛋白质或多肽的起点。它影响蛋白质的亚细胞分布、降解和转化率。因此，蛋白n端序列分析对于蛋白质功能研究具有重要意义。此外，在药物蛋白质中经常观察到一些N端的变化，包括N端信号序列的不完全处理、焦谷氨酸盐的形成、以及N端甲硫氨酸残基的去除缺乏。因此，N端测序是一项重要的质量控制分析。ICH Q6B也要求对药物进行N端序列确认。
Edman降解法N端测序：Edman测序反应是一个循环过程，N端氨基酸残基被反复裂解，可使用色谱法对分离出的氨基酸进行鉴定。因偶联和裂解反应的效率不是100%，限制了可测序的残基数。
优点：1. 可以准确分析N端氨基酸序列，特别是能辨别异亮氨酸和亮氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸；2.直接分析氨基酸信息，不需要任何蛋白质数据库。因此，它可以识别未登记在数据库中的未知蛋白质；
缺点：1. N端已被化学修饰或封闭的肽不可用；2. 低通量分析。
关于样品：蛋白质可以以SDS或天然聚丙烯酰胺凝胶片的形式在溶液中，或印迹到PVDF膜上提交。
溶液中：样品应无干扰缓冲液、盐和洗涤剂。如果干扰缓冲液、盐不可避免，清理后仍有可能对材料进行测序。应避免缓冲液中的胺(如Tris、乙醇胺和甘氨酸)。
凝胶中：将感兴趣的凝胶切片切下来，放入微量离心管中。蛋白质可以从聚丙烯酰胺中洗脱下来。凝胶染色尽量使用考马斯蓝R-250或G-250代替银染色剂。
PVDF膜上：将SDS-PAGE分离的蛋白质印迹在PVDF膜上。蛋白质可以用考马斯蓝R-250、酰胺黑、胭脂红S或Sypro Ruby染色(不建议银染)。
相关服务
质谱法N端测序：在基于MS的测序中，蛋白质被消化酶预处理消化成小片段，然后用质谱仪分析。由于大多数氨基酸残基的质量不同，不同的肽段可以产生有不同m/z和不同谱图的碎片离子。质谱法可以用于N端测序和C端测序。
优点：1.能获取更长的N端序列信息；2.可分析N端封闭和PTMs；
缺点：1. 等重的氨基酸不能确定；2.肽序列的覆盖率很少是100%。
关于样品：凝胶和液体蛋白样品均可以接受，样品纯度应尽可能高。质谱分析是一项非常灵敏的技术，因此样品必须仔细准备。可能污染样品的因素，例如，由于多蛋白复合物的不完全亚细胞分离或纯化，样品被高丰富的蛋白质压倒，以及来自皮肤或毛发的污染。应消除任何可能引入污染蛋白质的来源。
相关服务
Edman测序流程图
质谱测序流程图
Edman降解法N端测序和质谱法N端测序各有特点。Edman测序可以准确分析N端氨基酸序列，特别是能辨别异亮氨酸和亮氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸。我们的蛋白质测序系统自动进行Edman反应、HPLC分离和检测，以及数据分析。对于基于MS的N端测序，我们可以通过高分辨率质谱分析N端封闭和翻译后修饰(PTMs)，可通过使用两种或三种不同蛋白酶的组合来增加序列的覆盖率。
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