代谢组学FAQ汇总
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• 在通路富集中，一部分代谢物匹配不到相应的KEGG编号，导致一些通路富集不到，该怎么办？
对于代谢物无法匹配KEGG编号的问题，可以考虑以下几个解决方案： 1.补充数据库: 确认所用的KEGG数据库是最新版本，或探索其他生物信息数据库如MetaCyc或Reactome，它们可能包含更多更新的或额外的代谢物信息。 2.化学结构分析: 使用代谢物的化学结构信息，在PubChe
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• PLS-DA/OPLS-DA，怎么用s-plots筛选p<0.05?
要使用S-plots从PLS-DA或OPLS-DA模型中筛选出 p 值小于 0.05 的变量，可以遵循以下步骤： 1.建立模型： 首先建立PLS-DA或OPLS-DA模型。 2.生成S-plot： 在模型结果的基础上生成S-plot，该图展示了变量的协方差和相关性系数。 3.识别
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在PLS-DA（偏最小二乘判别分析）中，R²Y的截距（Intercept）值较大通常表明模型存在过拟合的问题。这是因为R²Y截距是通过随机置换Y变量的标签来估计的，反映的是模型对于纯随机数据的拟合能力。如果这个值较高，说明模型可能捕捉到了噪声而非真实的、可解释的变异。因此，一个较大的R²Y截
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• 筛选出差异菌与差异代谢物并校正之后能直接关联分析吗,还是需要进一步筛选缩小范围?
筛选出差异菌与差异代谢物并完成校正之后，如果数据集中，微生物和代谢物的数量适中，可以直接进行关联分析。这样做可以最大限度识别菌群与代谢物之间的全部潜在关系。然而，如果筛选出的差异菌和差异代谢物数量庞大，直接进行关联分析可能导致太多无关结果，从而使解释困难。在这种情况下，进一步缩小范围可以提高
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肠道菌群方面的代谢组学研究一般是通过分析粪便样本进行的。粪便样本能够提供关于肠道微生物群的直接信息，包括它们的代谢活动。
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在代谢组学研究中，常用的试剂和名称包括：1、 样品制备和萃取：甲醇（Methanol）：广泛用于样品的预处理和萃取。乙腈（Acetonitrile）：用于样品萃取和蛋白质沉淀。氯仿（Chloroform）：常用于脂质类代谢物的萃取。2、衍生化试剂：甲酰胺（Formamide）：用于氨基酸和其
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以下是木瓜蛋白酶除多糖蛋白（蛋白质与多糖复合体）的具体方法步骤，可供您进行参考：1.准备样品: 确保你的样品中的多糖蛋白浓度适合于酶处理。过高或过低的浓度都可能影响效果。 2.选择适当的缓冲液: 通常，pH值在6.0到7.0之间的缓冲液最适合木瓜蛋白酶的活性。常用的缓冲液包括磷酸盐缓冲液
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• 单独测了非靶向代谢,没有设置对照组,只想了解里面的物质组成该怎么分析？样本数据如何展示？
如果您的研究中只关注非靶向代谢物的组成，而没有设置对照组，您可以采用以下步骤来分析数据和展示样本信息：一、数据分析步骤 1.数据预处理：峰检测与整合：使用适当的软件工具对质谱数据进行峰检测，整合，以确认代谢物的信号。 校正：进行基线校正、噪声过滤和信号强度归一化等，以优化数据质量。2.代谢物
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• PLS-DA/OPLS-DA二维图中q2为负值是什么意思
在PLS-DA（偏最小二乘判别分析）或OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）的二维图中，q²值（Q-squared）衡量的是模型对数据的交叉验证预测效果，理想的q²值应接近1。q²值为负表示模型的预测能力较差，通常意味着模型未能有效地捕捉数据中的相关变异，或者存在过拟合，表明模型对数据的解
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血浆和血清都是都是代谢组学分析中常用的样本，它们各自具有独特的优势和应用场景，具体选用哪种还需要根据您的研究需求和目的，下面是一些它们各自的适用场景可供您参考：血浆适用场景（1）动态过程的研究：血浆是在血液中加入抗凝剂后离心得到的上清液，包含了血液中几乎全部的代谢物，包括那些与凝血过程相关的
How to order?
