蛋白质相互作用网络分析

STRING是收录多个物种预测的和实验验证的蛋白质-蛋白质互作的数据库，包括直接的物理互作和间接的功能相关。结合差异表达分析结果和数据库收录的互作关系对，构建差异表达蛋白互作网络。分析过程中将差异表达蛋白映射到STRING数据库中，获得差异蛋白的相互作用关系信息。由于STING数据库除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果，我们从搜索结果中筛选出综合打分大于0.4（Medium）的蛋白互作关系对，并采用合适的生物信息学分析软件对相互作用结果进行可视化。结果如图所示:




图1 差异表达蛋白互作信息不同来源的证据（Evidence）



差异表达蛋白互作信息不同来源的证据(Evidence)2



图2 差异表达蛋白互作强度信息图（Confidence）

注：圆圈（node)表示蛋白质，不同颜色表示不同的蛋白质，圆圈里是蛋白的三维结构。直线表示蛋白质之间的相互作用关系。线越粗表示二者的互作关系越强。暗色的线表示在evidence view的圆中有关系，但在actions图中没有关系。



图3 差异表达蛋白之间不同的作用模式（Actions）



差异表达蛋白之间不同的作用模式(Actions)2